寛弘2年（1005)一条天皇の御代に、伊勢神宮の御祭神「天照大御神」、「豊受大御神」の二柱を御託宣によりお祀りし創建された。
建久9年（1198）、源頼朝が社参し社地の寄贈を受ける。
天正19年（1592)、武蔵國日比谷郷に社領15石の寄進を受けるなど歴代将軍家・幕府の庇護を受け、社殿の造営・修復も幕命にて執行してきた。
慶長3年（1598）、増上寺の現在地への移転に伴い、同地に鎮座していた当社は現在地に奉遷した。
明暦3年（1657）の大火に始まり、安政2年（1855)の安政大地震に至るまで、幾度と無く消失、倒壊を繰返しその都度再建を行ってきた。
明治元年（1868）明治天皇より准勅祭社に定められたが、准勅祭社制度の廃止に伴い、東京府社となった。
大正12年（1923）の関東大震災により倒壊延焼し、昭和13年（1938）12月、完全再建を成し遂げたものの、昭和20年（1945）東京大空襲により焼失。昭和39年（1964）本殿再造営を完工した。
このように数多くの苦難にも耐え復興した背景には氏子並びに崇敬者の支えがあってのことである。
創建後約一千年の歴史をもつ芝大神宮は関東のお伊勢（芝神明）さまとして今なお崇拝されている。

JR浜松町駅北口より 徒歩約7分　都営浅草線・大江戸線 A６出口より徒歩約２分
大門交差点から増上寺方面の２本目の路地を右折、最初の交差点を左折し突当りが芝大神宮です。