明治13年（1880）、東京における伊勢神宮の遥拝殿として創建された。 当初は有楽町の大隈重信邸跡に建造し、「日比谷大神宮」と称されていた。
大正12年（1923）、関東大震災で社殿を焼失した。
昭和３年（1928）、現在地に再建・遷座し「飯田橋大神宮」と呼ばれた。
昭和21年（1946）第二次世界大戦後は社名を「東京大神宮」と改め今日に至っている。
神前結婚式は、当社の創始によるものである。