神武天皇1年（紀元前660年）の創建と伝えられているようだが、『常陸国風土記』と時代的背景とに矛盾もあり、実際にはよくわかってないらしく、あくまでも伝承と考えた方が無難でしょう。

香取神宮もそうであったように、蝦夷に対する前線基地として重要拠点であったといわれている。

慶長10年(1605)、に徳川家康により社殿が造営された。
当初の本宮は1619年の造替に伴い場所を移し、現在奥宮となっている。
元和4年(1618)、二代将軍徳川秀忠により社殿が造営された。
寛永11年(1634)、初代水戸藩主徳川頼房により楼門が造営された。

全国に約600社ある「鹿島神社」の総本社である。