基本的に浄土真宗・真宗の寺院では御朱印をやっていません。

親鸞聖人の教えの根底には南無阿弥陀仏の念仏を称えるだけでよい。追善供養の為に写経を納めることは不要。つまり納経を行わないから納経印（御朱印）も不要。ということのようです。

しかし、浄土真宗や真宗の寺院の中には御朱印や参拝記念のスタンプをいただける寺院があります。
浄土真宗・真宗の寺院を参拝して、いきなり「御朱印をお願いします」では辛い思いに出合いかねないので、宗旨を理解したうえで訪れては如何でしょうか。